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Maître de Conférences
Enseignant en Automatique, chercheur en Robotique
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Post-doctoral position in Computer Vision and Medical Robotics

Overview: The ICube laboratory wish to hire a post-doctoral fellow for 18 months for working on the combination of robotics and computer vision in the field of robotics flexible endoscopy. We are looking for a researcher with a PhD (or soon to be obtained) in robotics or computer vision who is motivated to work in the field of continuum robots for medical applications.

Keywords: Continuum robots, Vision-based control, Flexible endoscopy, Optical Coherence Tomography (OCT), Tumor margins assessment.

Position in details

The ICube laboratory is seeking a post-doctoral fellow for carrying research in the field of computer vision for medical robotics.

The work will take place in the scope of the ROBOT project, which aims at developing new devices and tools combining robotics and Optical Coherence Tomography (OCT) for improving standard of care for cancers in the digestive tract.

The project of the post-doctoral fellow will focus on developing tools for assisting surgeons in assessing margins by automatically scanning a specified area with an OCT probe. Defining correct margins for tumors removal is a key element of minimally invasive cancer treatment in the digestive tract. OCT images can be used for this purpose; however, it proves very difficult for surgeons to precisely and completely define the area to be treated because of manipulation issues and difficulties to make sense of the acquired data. In the scope of robot-assisted flexible endoscopy we want to explore the possibility to automatically scan the right area.

For this purpose, a flexible robotic platform and a motorized OCT probe developed at the ICube laboratory will be used. The tasks to be carried out by the post-doctoral fellow will concern the development of original techniques by combining sensing methods relying on endoscopic images and OCT images and control schemes for driving robotic motions in order to realize precise movements and to ensure the correct scanning of the specified area. Challenges include: physiological motions, tissues deformation, complex behavior of the continuum instruments and difficult conditions for computer vision.

Candidate profile

We are looking for a highly motivated researcher with significant experience in computer vision and / or robotics control who wishes to enroll (or continue) in the exciting fields of continuum robots and computer-assisted medical interventions. Knowledge of continuum robots or medical applications or of OCT would be beneficial but are not mandatory. Mechatronic background / knowledge can also be valued in the scope of the project.

A Doctoral degree is mandatory at the time of starting the fellowship.

Skills

Proficiency in one high-level programming language such as C / C++ or Python is required. Knowledge of OpenCV will be appreciated. Note that speaking French is not required. In this case B2 level in English will be necessary.

Work environment

The post-doctoral fellow will be integrated in the Control, Vison and Robotics (AVR) team of the ICube laboratory. Medical continuum robots and OCT are key themes of the laboratory, with several on-going projects and more to start shortly. The post-doctoral fellow will join an international team of people working in flexible endoscopy and OCT. The team has a long-standing and fruitful experience in the development of robotic flexible endoscopy and clinical translation of medical devices including OCT.

The work will take place at the medical robotic platform of the ICube laboratory, located at the IRCAD, a world-renowned institute for research on cancer treatment. The place is located at the University hospital in the center of Strasbourg.

Strasbourg is a vibrant town in the east of France, close to Germany. The University of Strasbourg is one of the most important Universities in France.

Funding

The project is supported by the INSERM (French Institute for health) through the « Plan Physics for Cancer » (project ROBOT) and a funding is provided for 18 months. Monthly gross salary is about 2500 Euros.


Application Applications are accepted from now on. The call is open until fulfillment of the position.

For applying send the following supporting material Florent Nageotte, Nageotte@unistra.fr :

  • CV
  • Motivation letter (please specify your current position and earliest availability date)
  • Name and contact of at least 2 referees
  • Copies of up to 3 relevant publications

Interviews with the candidates will be organized on the fly upon reception of their application.

Links


Contact for additional information: Florent Nageotte, Nageotte@unistra.fr














Documents pédagogiques récents

For the students of the "Medical Robotics" intensive course


Pour les étudiants de M2 IRIV / IRMC


  • Pour les étudiants de L3ESA et de L3 Mécatronique

Les supports de cours sont disponibles ici.


Vous trouverez ici les sujets de TD.


Pour les étudiants de M1MNE

  • La correction du TD de rappel d'automatique analogique est disponible.
  • Les supports de cours sont disponibles ici. Ils seront mis à jour au fur et à mesure des séances (version actuelle du 11/09/18).
  • Vous pouvez télécharger la version électronique du cours (déposé le 11/09/18)

ainsi que les sujets de TD (version du 11/09/18).

  • Pour ceux qui souhaitent réviser les bases de l'automatique continue, vous pouvez consulter les supports de cours de L3ESA

(version imprimable)

Pour les étudiants de TPS TIS 3A DTMI






Curriculum Vitae

  • 2000 : Diplôme d'ingénieur de l'ENSPS, Strasbourg.
  • 2000 : DEA Photonique Image et Cybernétique, ULP, Strasbourg. Stage de fin d'études au Center for Distributed Robotics de l'université de Minnesota sous la direction de N. Papanikolopoulos
  • 2005 : Thèse de doctorat, ULP, Strasbourg en robotique médicale sous la direction de M. de Mathelin.
  • Depuis septembre 2006 : Maître de Conférences à l'université de Strasbourg (anciennement ULP)

Fonctions d'enseignement

Maître de Conférences à l'UFR de Physique et Ingénierie de l' Université de Strasbourg .

Matières enseignées

En licence ESA 3ème année

En master MNE 1ère année


A TPS 3ème année, TIS option DTMI

  • GMCAOs en chirurgie digestive
  • Estimation de pose, recalage et asservissements visuels pour la robotique médicale (Transparents de cours (version du 25/09/18), Fascicule de TDs)


TPS, M2 IRIV / IRMC


TPS formation FIP 3ème année



Ecole d'été de robotique médicale

  • Présentation des asservissements visuels appliqués à la robotique médicale, donnée lors de la 8ème école d'été européenne de robotique médicale à Montpellier le 8 septembre 2017. Lien sur la page de l'école et transparents de la présentation

Recherche

Assistance robotisée aux gestes chirurgicaux :

  • Assistance à la suture en chirurgie laparoscopique
  • Assistance à la chirurgie transluminale (projet Anubis dans le cadre du pôle de compétitivité Alsace "Innovations Thérapeutiques"  : développement de gestes autonomes et compensation de mouvement physiologique
  • Assistance à la chirurgie endoluminale]] (projet Isis dans le cadre du pôle de compétitivité Alsace "Innovations Thérapeutiques"  : développement, commande et télémanipulation d'un système robotique basé sur des endoscopes flexibles
  • Encadrement de thèses
    • Laurent Ott, thèse soutenue en novembre 2009 (compensation de mouvements physiologiques en endoscopie flexible). Prix de thèse de l'UDS.
    • Bérengère Bardou, thèse soutenue en novembre 2011(Développement et commande d'un système robotique pour l'assistance à la chirurgie transluminale)
    • Antonio De Donno, thèse soutenue en décembre 2013 (Assistance à la chirurgie endoluminale et à trocart unique)
    • Paolo Cabras, thèse soutenue en février 2016 : 3D Pose Estimation of Continuously Deformable Instruments in Robotic Endoscopic Surgery : manuscript
    • Laure-Anaïs Chanel, thèse soutenue en mars 2016 (Traitement par HIFU robotisé sous imagerie échographique)
  • Thèse en cours :
    • Rafael Aleluia Porto, depuis décembre 2016 (commande par vision de systèmes flexibles)


Thématiques

  • Assistance robotique à l'endoscopie flexible, projet STRAS
  • Commande par vision
  • Asservissement visuels
  • Estimation par la vision
  • Planification de trajectoire
  • Robotique médicale et chirurgicale
  • Systèmes flexibles à câbles
  • Recalage par l'image

Publications

Publications téléchargeables

Liste des publications


Coin perso

Seattle, WA (ICRA 2015)

Centre ville depuis Lake Union
Dîner de bienvenue au Experience Music Project / Science Fiction Museum
Vue nord depuis Columbia Center



Tokyo (Medical robotics seminar à l'ambassade de France)

Temple d'Asakusa
Tokyo depuis Sunshine60
Shibuya by night



Texas (Computational Surgery 2011)

San Antonio Riverside
Fort Alamo
Texas Medical Center Houston


Minneapolis, MN (EMBC09)

Downtown Minneapolis
le plus grand "Mall" des USA
Land of lakes (lake Calhoun)

Photos du Japon (Icra09, Kobe)

Kyoto - le pavillon d'or
Kobe de jour
... et de nuit

Photos de Scottsdale, AZ (Biorob08)

Soleil couchant
la "Sun Valley" depuis la "Camel Moutain"
le repos du "best student"

Photos de Californie (Icra08, pasadena)

Banc de lions de mer
Véhicules de secours
Santa Barbara

Photos de Pékin (Iros06)

Palais d'été
Soupe à la tortue
Grande muraille dans la brume

Photos de l'Ontario (visite chez MDRobotics septembre 06)

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Toronto depuis la tour CN
Tour CN, Toronto

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Palais
Balboa park
Dauphins en moyenne mer

Photos de Chicago (Cars04)

Chicago by night
...encore
et de jour